Mit dem MKR werden Messerkörbe komplett von Fleisch- und Fettresten befreit, entfettet und desinfiziert. Der Messerkorb wird in die während der Reinigung rotierende Aufnahmevorrichtung gestellt und durch einen Hochdruckwasserstrahl unter Zuführung von Reinigungs- und/oder Desinfektionsmittel über mehrere Düsen gesäubert.
In der Regel dauert dieser Vorgang ca. 10 Sekunden, kann aber ebenso wie die Zugabedauer des Reinigungs- und/oder Desinfektionsmittels individuell eingestellt werden.